Die DEZA besteht aus einer humanitären, einer multilateralen, einer thematischen sowie drei geografischen Abteilungen. Dazu kommen die Abteilung Grundlagen und Qualität, die Fachstelle Finanzberatung, die Fachstelle Kommunikationsmanagement sowie das Sekretariat Beratende Kommission Internationale Zusammenarbeit, die die gesamte DEZA unterstützen und beraten.