Dans sa fonction de représentation officielle de la Suisse, l’ambassade exerce un large éventail d’activités couvrant tous les champs thématiques des relations diplomatiques entre les deux gouvernements. Elle représente les intérêts de la Suisse en matière de politique, d’économie, de finances, d’ordre juridique, de science, d’éducation et de culture.

L'Ambassade soutient et encourage la coopération entre les autorités suisses et les autorités du pays hôte. Elle maintient les contacts avec le Bureau de la Présidente, le Gouvernement, les différents Ministères et le Parlement croate - le Sabor. Au niveau local, l’Ambassade maintient également de bonnes relations avec les autorités régionales importantes comme le Conseil de la Ville de Zagreb et ceux d'autres grandes villes, ainsi qu’avec les Administrations des comtés (Županije). Elle organise des rencontres bilatérales et soutient les délégations venues de Suisse en visite officielle, autant sur le plan du contenu que de la logistique.

Avec le ministère des Affaires étrangères, l'Ambassade entretient un échange de vues régulier sur les questions bilatérales et multilatérales et, depuis que la Croatie a adhéré à l’UE en été 2013, les questions de politique européenne ont gagné en importance. L’Ambassade soutient également la mise en œuvre de la contribution suisse à l’élargissement pour la Croatie et pour ce faire est en contact avec le Ministère du Développement régional. Elle suit aussi régulièrement la situation économique, politique et sociale dans le pays et rapporte les faits pertinents pour la Suisse.

Une de ses tâches principales est de promouvoir la coopération économique entre la Suisse et la Croatie et le soutien à l’économie suisse sur place. L'Ambassade est en contact avec les entreprises suisses résidentes en Croatie et contribue à leur mise en réseau et à un échange d'informations. Elle travaille en collaboration avec les Ministères de l’Economie et des Finances et avec des organisations privées. La promotion du tourisme fait également partie des tâches de l'Ambassade.

L’Ambassade s’engage également pour la coopération dans les domaines de la science, de la technologie et de l'éducation dans le but de renforcer la collaboration entre les deux pays et de faire connaître la Suisse comme lieu de recherche de pointe. Elle favorise l'échange d'idées entre les institutions scientifiques, les universités et les décideurs scientifiques.

Dans le domaine de la culture, l'Ambassade vise à une compréhension mutuelle et à un échange renforcé de contacts, tant avec les institutions culturelles compétentes en Suisse et dans le pays d'accueil qu’avec des artistes individuels. Les manifestations culturelles organisées ou soutenues par l’Ambassade contribuent à accroître la compréhension et à ériger des ponts entre deux différentes cultures.

Depuis 2011, les services consulaires pour la Croatie sont fournis par le Centre consulaire régional à Vienne. Cependant, l'Ambassade continue à s’engager auprès de la colonie suisse en Croatie et accompagne le Club suisse dans ses activités.