La seconda serie di accordi, ossia gli Accordi bilaterali II, prende in considerazione altri interessi economici (industria alimentare, turismo, piazza finanziaria) ed estende ulteriormente la cooperazione tra la Svizzera e l’UE a settori di primo piano sul fronte politico che vanno ben oltre il mero ambito economico, quali la sicurezza, l’asilo, l’ambiente e la cultura.

Nonostante le dichiarazioni d’intenti formulate da ambo le parti negli atti finali degli Accordi bilaterali I del 1999, sulle prime la Commissione europea era dubbiosa circa la necessità di avviare un nuovo ciclo di trattative. Due nuove importanti richieste rivolte alla Svizzera hanno spinto Bruxelles a intavolare, nonostante tutto, una nuova tornata di negoziati. L’UE auspicava, da un lato, di includere la Svizzera nel proprio progetto volto a disciplinare la questione relativa alla tassazione transfrontaliera dei redditi da risparmio e, dall’altro, di intensificare la cooperazione con la Svizzera nella lotta contro la frode in materia di fiscalità indiretta (in particolar modo contro il contrabbando di sigarette).

La Svizzera ha accettato di prendere parte ai negoziati sulle questioni menzionate a condizione che le nuove trattative includessero non solo i due dossier prioritari per l’UE, ma anche alcuni dossier importanti per il nostro Paese, tra cui la partecipazione al sistema di cooperazione in materia di sicurezza interna (Schengen) e di asilo (Dublino), vale a dire la cooperazione nei settori della polizia e della giustizia, dell’asilo e della migrazione, nonché i temi lasciati in sospeso nella dichiarazione d’intenti comune degli Accordi bilaterali I, ossia i prodotti agricoli trasformati, la statistica, l’ambiente, MEDIA, l’istruzione, le pensioni e i servizi.

I negoziati per i cosiddetti Accordi bilaterali II tra la Svizzera e l’Unione europea sono stati avviati nel giugno 2002 e condotti su dieci dossier. Le trattative concernenti il dossier relativo alla liberalizzazione delle prestazioni di servizi sono state interrotte di comune accordo nel marzo del 2003 a causa delle numerose questioni ancora in sospeso. Nel giugno del 2003 è stato compiuto un passo decisivo con la conclusione di un accordo politico nell’ambito della fiscalità del risparmio. Il 19 maggio 2004, in occasione di un vertice tra la Svizzera e l’UE, è stato infine raggiunto un accordo politico sugli altri temi politicamente sensibili, in particolare sulla questione dello scambio di informazioni nell’ambito dell’assistenza giudiziaria e amministrativa concesso per reati fiscali: 

• per quanto attiene all’Accordo di associazione a Schengen e a Dublino, la Svizzera gode di una deroga di durata indeterminata («opt out») qualora l’ulteriore sviluppo dell’acquis – vale a dire della normativa – di Schengen dovesse condurre all’obbligo di assistenza giudiziaria anche per reati di sottrazione d’imposta;
• in materia di lotta contro la frode, nel settore della fiscalità indiretta, la Svizzera estende la sua cooperazione a fattispecie di sottrazione d’imposta (trattamento nazionale).

Durante i negoziati, la Svizzera ha rispettato scrupolosamente il principio del parallelismo tra tutti i dossier: gli accordi dovevano essere conclusi solo insieme e contemporaneamente. Grazie in particolar modo a questa strategia di negoziazione, il Consiglio federale è riuscito a ottenere un risultato globalmente equilibrato che tenesse conto sia dei principali interessi della Svizzera che di quelli dell’UE. Come auspicava la Svizzera, tutti gli accordi, inclusi quelli di Schengen e Dublino, sono stati conclusi contemporaneamente. La Svizzera, dal canto suo, coopera con l’Unione europea per quanto concerne la tassazione transnazionale dei redditi da risparmio e amplia la propria cooperazione in materia di lotta contro la frode nel settore della fiscalità indiretta.

Gli Accordi bilaterali II sono stati firmati il 26 ottobre 2004 e ratificati dal Parlamento svizzero il 17 dicembre 2004 sotto forma di decreti federali distinti. Sette degli accordi sono stati rimessi all’esito di un referendum facoltativo che, tuttavia, è stato indetto soltanto contro l’Accordo di associazione a Schengen/Dublino. Il 5 giugno 2005 il popolo svizzero ha accolto gli accordi con il 54,6% di voti a favore. A differenza degli Accordi bilaterali I, gli Accordi bilaterali II non sono vincolati giuridicamente tra di loro, bensì possono entrare in vigore sulla base delle rispettive disposizioni e indipendentemente gli uni dagli altri. Tutti gli Accordi bilaterali sono entrati in vigore, tranne quello relativo alla lotta contro la frode. Gli Accordi Schengen/Dublino sono entrati in vigore formalmente il 1° marzo 2008 e la partecipazione operativa è effettiva dal 12 dicembre 2008, in seguito a una procedura di valutazione da parte di un gruppo di esperti Schengen tesa ad appurare se la Svizzera rispettasse gli standard di Schengen in vari settori (controlli alle frontiere esterne; sistema d’informazione Schengen, SIS; protezione dei dati; visti; cooperazione dell’ambito della polizia). L’entrata in vigore è stata completata il 29 marzo 2009 e gli aeroporti hanno adottato il regime Schengen con l’introduzione dei nuovi orari di volo.