Le marché unique mis en place dans l’UE s’applique aussi au secteur des transports. Les trains, les camions, les avions et les navires doivent pouvoir circuler librement en Europe. L’UE s’efforce à réduire au maximum les entraves à la concurrence et les obstacles d’ordre technique de façon à garantir une plus grande fluidité du trafic et des tarifs plus avantageux pour le transport tant de passagers que de marchandises. Deux accords bilatéraux de 1999 règlent l’accès mutuel au marché entre la Suisse et l’UE dans le domaine des transports.
Sur la base de l’accord sur les transports terrestres, l’UE a accepté la redevance poids-lourds liée aux prestations perçue par la Suisse depuis 2001 sur tous les camions faisant usage de son réseau routier. De son côté, la Suisse s’est conformée à la demande de l’UE d’augmenter de 28 à 40 tonnes la limite maximale des poids-lourds autorisés à circuler sur son territoire. Celle-ci s’engage en outre à appliquer des règles équivalentes à celles de l’UE en ce qui concerne, par exemple, les heures de repos des conducteurs de camion ou les spécifications techniques pour les locomotives et les wagons.
Infrastructure de transport moderne et performante
La Suisse contribue en outre de manière substantielle aux efforts de l’UE visant à doter l’Europe d’une infrastructure de transport moderne, performante et durable. Elle a investi environ 24 milliards de francs dans la nouvelle ligne ferroviaire à travers les Alpes (NLFA) et le corridor 4 mètres sur l'axe du Gothard. Avec l'achèvement de ces infrastructures en 2020, elle contribue de manière significative au transfert du trafic de marchandises de la route vers le rail. Grâce aux tunnels de base du Gothard, du Ceneri et du Lötschberg et à leur profil homogène, les trains de marchandises et de voyageurs pourront circuler en plus grand nombre et dans des conditions plus faciles. Les temps de trajet entre le nord et le sud deviennent plus courts.
Le tunnel de base du Saint-Gothard, la pièce maîtresse de la NLFA, a été officiellement ouvert en 2016. Le tunnel est constitué de deux tubes à une voie d’une longueur de 57 km. Le tunnel de base du Saint-Gothard n’est pas seulement le tunnel ferroviaire le plus long, mais également le plus profond jamais construit au monde. Permettant à environ 50 trains de passagers et jusqu'à 260 convois de transport de marchandises de traverser le tunnel tous les jours à une vitesse atteignant 200 km / h, le tunnel du Saint-Gothard accroît la rentabilité, la fiabilité et la compétitivité du transport ferroviaire le long du corridor Rhin-Alpes RTE-T. Le 4 septembre 2020, la NLFA a été achevée avec l'ouverture officielle du tunnel de base du Ceneri. En même temps, le corridor 4 mètres sur l'axe nord-sud est à son tour opérationnel. De Bâle à Chiasso, un total de vingt tunnels a été adapté pour permettre le transport sur wagon de semi-remorques d’une hauteur totale de quatre mètres.
L’accord sur le transport aérien règle quant à lui l’accès des compagnies aériennes suisses au marché libéralisé européen sur une base de réciprocité. Les compagnies suisses peuvent ainsi choisir librement les destinations qu’elles souhaitent desservir et les tarifs qu’elles entendent pratiquer pour leurs vols en Europe. La Suisse est d’autre part associée au «Ciel unique européen». Ce projet a pour objectifs la rationalisation et la modernisation du contrôle aérien en Europe, de façon à pouvoir répondre aux besoins futurs en termes de capacité et de sécurité aérienne.