En 1920, la Suisse a ouvert un consulat général à Zagreb, qui a d’abord fait office de représentation suisse dans le Royaume de Yougoslavie puis, plus tard, dans l’ancienne République fédérative socialiste de Yougoslavie.
Le 8 octobre 1991, la Croatie, jusqu'alors république fédérée de la République fédérative socialiste de Yougoslavie, a déclaré son indépendance. La Suisse a reconnu la souveraineté de la Croatie en janvier 1992. Les excellentes relations qu’entretiennent aujourd’hui la Suisse et la Croatie doivent beaucoup à l’engagement de la Suisse dans le domaine de l’aide humanitaire et de la reconstruction pendant et après la guerre en Croatie. En 1992, la Suisse a été parmi les premiers pays à ouvrir une ambassade à Zagreb. La Croatie a ouvert son ambassade à Berne la même année, puis son consulat général à Zurich en 1995.
En 2019, le président de la Confédération Ueli Maurer a rencontré la présidente croate Kolinda Grabar-Kitarović à Zagreb. En 2022, le président croate Zoran Milanović, en visite à Berne, a rencontré le président de la Confédération Ignazio Cassis.
Croatie, Dictionnaire historique de la Suisse
Documents diplomatiques suisses, Dodis