Le relazioni ufficiali iniziano negli anni 1960. Il 30 novembre 1961 i due Paesi concludono l’accordo sulla circolazione delle persone. Nel 1979 la Svizzera nomina un corrispondente consolare svizzero ad Andorra la Vella, incaricato di fornire supporto al Consolato generale di Marsiglia, allora competente per Andorra.
Il 25 agosto 1993 il Consiglio federale decide, dopo l’approvazione della nuova Costituzione di Andorra, di riconoscere il Paese come Stato sovrano e indipendente. Contemporaneamente la competenza del Consolato generale di Marsiglia è trasmessa a quello di Barcellona. Le relazioni consolari sono stabilite a seguito dello scambio di lettere del 1 novembre 1993 e del 22 aprile 1994.
Nel 1995 il Consiglio federale decide di avviare relazioni diplomatiche con Andorra e il 16 novembre 1995 l’ambasciatore svizzero residente a Madrid è accreditato ad Andorra. Da allora l’ambasciatore di Svizzera a Madrid è competente per gli affari diplomatici. Gli affari consolari continuano tuttavia a essere gestiti dal Consolato generale di Barcellona.